ONCVPSP安装使用

官网
安装
- 编译Multi-projector ONCVPSP-4.0.1 (beta release)
使用
- 其他
  - 修改输入文件中的交换关联泛函
  - 新生成的一些赝势

官网

安装

ROOT=$PWD
mkdir -p $ROOT/source
cd $ROOT/source

libxc和lapack的安装方法,参考centos6.5 gcc Openmpi 编译octopus-4.1.2,怀柔计算中心/SSLAB编译octopus记录,不再重复写了.

注意目前仅测试libxc2.1.1版本可以,2.0.0,4.3,5.1.2存在各种问题

#
wget http://www.tddft.org/programs/libxc/down.php?file=2.1.1/libxc-2.1.1.tar.gz -O libxc-2.1.1.tar.gz
tar xzvf libxc-2.1.1.tar.gz
cd libxc-2.1.1
./configure --prefix=$ROOT/libxc-2.1.1  CC=gcc CXX=g++ FC=gfortran
make
make install

编译好lapack和libxc后

wget http://www.mat-simresearch.com/oncvpsp-3.3.1.tar.gz
tar xzvf oncvpsp-3.3.1tar.gz
cd oncvpsp-3.3.1

修改make.inc中的库项为

#LIBS = -L/usr/local/lapack/lib -llapack -lrefblas
LIBS = -L/home/cndaqiang/code/math/lib -llapack -lrefblas

#LIBS += -L/usr/local/libxc/lib -lxcf90 -lxc
#FFLAGS += -I/usr/local/libxc/include
LIBS += -L/home/cndaqiang/code/libxc-2.1.1/lib -lxc
FFLAGS += -I/home/cndaqiang/code/libxc-2.1.1/include

编译时会自动和之前的计算结果进行对比

make

编译Multi-projector ONCVPSP-4.0.1 (beta release)

方法同上，但是源代码存在一个小issue. libxc在3.0.0版本后更新了xc_f90_info_refs等函数

cndaqiang@mommint:~/code/source$ grep 'subroutine xc_f90_info_refs(' libxc-2.1.1/src/libxc.f90
    subroutine xc_f90_info_refs(info, number, str, s)
cndaqiang@mommint:~/code/source$ grep 'subroutine xc_f90_info_refs(' libxc-4.3.4/src/libxc.f90
    subroutine xc_f90_info_refs(info, number, s)

oncvpsp-4.0.1在针对此更新的代码修改有些小问题,将oncvpsp-4.0.1/src/functionals.F90中的

#if LIBXC_VERSION>=300
   type(xc_f90_pointer_t) :: str
#endif

修改为

#if LIBXC_VERSION>=300
#else
   type(xc_f90_pointer_t) :: str
#endif

其他编译过程同3.3.1

使用

准备输入文件

cndaqiang@mommint:~/code/source/oncvpsp-3.3.1$ mkdir mydata
cndaqiang@mommint:~/code/source/oncvpsp-3.3.1$ mkdir cndaqiang.data
cndaqiang@mommint:~/code/source/oncvpsp-3.3.1$ cd cndaqiang.data
cndaqiang@mommint:~/code/source/oncvpsp-3.3.1/cndaqiang.data$ cp ~/ONCVPSP/abinit/Si.in .

计算

../src/oncvpsp.x < Si.in > Si.out

提取结果(参考../scripts/run.sh)

awk 'Begin{out=0};/END_PSP/{out=0}; {if(out == 1) {print}};\
        /Begin PSP_UPF/{out=1}' Si.out > Si.upf

对比结果

cndaqiang@mommint:~/code/source/oncvpsp-3.3.1/cndaqiang.data$ ../scripts/fldiff.pl ~/ONCVPSP/abinit/Si_ONCV_PBE_sr.upf Si.upf
6
<  scalar-relativistic version 3.3.0 08/16/2017 by D. R. Hamann
>  scalar-relativistic version 3.3.1 12/12/2017 by D. R. Hamann
72
<        date="170818"
>        date="220413"
Summary  : different lines= 3 , max abs_diff= 1.000e-01 (l.6), max rel_diff= 1.000e+00 (l.6)(python37)

其他

自旋轨道耦合oncvpspnr.x < Si.in > Si.out

修改输入文件中的交换关联泛函

修改输入文件中的iexc为具体的值

# atsym  z   nc   nv     iexc    psfile
Si   14.00   3   2   4   upf

1,2,3,4的值是确定的,如src/vout.f90,如3,4分别对应XC_LDA_X&XC_LDA_C_PZ,XC_GGA_X_PBE&XC_GGA_C_PBE

 if(iexc .eq. 1) then
 call excwig(rhot,vxc,exca,mmax)
 else if(iexc .eq. 2) then
 call exchdl(rhot,vxc,exca,mmax)
 else if(iexc .eq. 3) then
 call excpzca(rhot,vxc,exca,mmax)
 else if(iexc .eq. 4) then
 call excggc(rhot,vxc,exca,rr,mmax)
 else if (iexc < 0) then
 call exc_libxc(iexc,al,rhot,vxc,exca,rr,mmax)
 else
 write(6,'(/a,i4)') 'vout: ERROR bad input iexc =',iexc
 stop
 end if

其他值为-XXXCCC,-是负号,XXX和CCC分别对应交换和关联的数字编号
具体数值见./doc/libxc_use.txt,如-001009即和3等价,为XC_LDA_X&XC_LDA_C_PZ

新生成的一些赝势

利用pipidog/ONCVPSP新计算的赝势

ONCVPSP_LDA, 使用新生成的PZ和之前的PBE计算石墨烯的能带对比

本文首发于我的博客@cndaqiang.
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