建议看此文Intel Parallel Studio XE 编译VASP更具有普遍性
这两天安装vasp可要被折腾死了，虽然组里服务器上有vasp，可是自己还没有进行计算的经验，在服务器上乱提交作业，被发现就不好了，还是在自己服务器上学习更放心大胆一些。
这几天尝试了,好多个版本的编译器，vasp编译过4.6,5.3都失败了，最后发现这个帖子[VASP] 教你从头编译vasp-5.4.1提供的2011版的icc,ifort,icpc编译vasp5.4没有问题,成功在台式机,云服务器，windows10上bash编译完成.
需要的软件
编译器,fftw,openmpi,也可以去相应网站下载
makefile.include,从vasp.5.4.1/arch中获得并修改
vasp.5.4,vasp.5.lib源码,百度可搜,请购买正版
总述
安装VASP主要需要这几个部分
- 编译环境,编译器
这里使用linux+ifc(intel icc ifort)
intel的parallel_studio_xe编译器包含MKL,MPI,
网上和intel网站有parallel_studio_xe_2013和2015的安装成功记录，我没有成功，最后使用2011版的l_ccompxe_2011 l_fcompxe_2011
使用其他编译器也可以，要选择合适的makefile文件并修改正确 - 并行计算mpi
intel编译器包含mpi，也可使用openmpi
最后使用openmpi - 数学库BLACS,LAPACK
有Intel的MKL,GotoBlas,ATLAS
这次使用Intel的MKL - FFT
vasp自带fft，也使用额外的fftw
最后使用fftw
理解
编译无需root操作，个人将所有软件安装在自己目录里也可以
编译vasp时，在makefile文件中设置编译器,MKL,MPI,FFT，
因此，可以在服务器上安装多个版本的编译器,MKL,MPI,FFT，选则合适的makefile，修改makefile中相应的目录即可
仅编译安装vasp并不需要很大的计算量，对材料的计算可能需要很大
在实验室台式机上编译intel_2011和vasp5.4正常，尝试在1核1G内存腾讯云服务器编译失败,查看后台内存占用接近峰值时编译失败，增加虚拟内存后，编译正常进行，如图。所以我之前用parallel_studio_xe_2013/2018和vasp5.4/5.3编译失败的原因很大可能是服务器内存不够了
安装
安装环境
实验室的台式机
ubuntu server 16.04.3
Intel(R) Core(TM) i5-3450 CPU @ 3.10GHz
6G内存
这次是安装在单用户目录下面，而且过程都是编译，感觉与linux的哪个发行版关系不大
另外，1核1G内存2G交换分区腾讯云主机也成功安装
windows10上的bash 8G内存 Intel(R) Core(TM) i7-7500U CPU @ 2.70GHz，也安装完成
windows10上的bash安装注意
- 建议关闭windows defender后安装
- intel编译器安装过程较卡，耐心等待
- 最后编译vasp大约用时30分钟
安装依赖
直接安装l_ccompxe_时提示缺少依赖,安装下面包后解决(下面的包应该是安装多了)
sudo apt update
sudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libstdc++5
sudo apt-get install lib32stdc++6
sudo apt-get install libc6-dev-i386
sudo apt-get install g++-multilib
另外，windows10的bash还需安装
sudo apt install flex
sudo apt install texinfo
intel编译器
安装
解压安装icc
tar xzvf l_ccompxe_2011.6.233
cd l_ccompxe_2011.6.233/
./install
安装时，选择单用户安装(root用户安装也可以，会安装到/opt/intel)，使用lic文件激活,其他保持默认
文件最终安装在用户目录/intel中，如/home/cndaqiang/intel，以后编译设置里面的/home/cndaqiang/intel替换为你对应的目录即可
同理安装l_fcompxe_2011.6.233
添加环境变量
是为了输入ifort等命令直接运行，不添加环境变量则要在makefile里指明编译器的位置如FCC=/目录.../ifort
编辑~/.bashrc,添加以下内容，注意替换相关目录
source /home/cndaqiang/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=/home/cndaqiang/intel/composerxe/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/cndaqiang/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/cndaqiang/intel/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
编译生效
source ~/.bashrc
环境变量配置成功，直接输入which icc ifort icpc会返回命令所在路径
openmpi安装
编译安装
使用openmpi-1.6.5,可去其网站下载
tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
生成makefile文件
./configure --prefix=安装目录 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort
- 安装目录为编译后openmpi安装到的目录
我设置为/home/cndaqiang/soft/openmpi之后注意替换 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort为使用哪种编译器编译openmpi
没有报错后，编译安装
make -j4
#-j4为使用4核安装，我的电脑只有4核，尽量使用多的核编译会快
make install
添加环境变量
编辑~/.bashrc,添加以下内容，注意替换相关目录
export PATH=/home/cndaqiang/soft/openmpi/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/cndaqiang/soft/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/home/cndaqiang/soft/openmpi/share/man:$MANPATH
编译生效
source ~/.bashrc
环境变量配置成功，直接输入which mpif90会返回命令所在路径
fftw安装
编译安装
使用fftw-3.3.4，可去其网站下载
编译同openmpi
tar xzvf fftw-3.3.4.tar.gz
cd fftw-3.3.4
./configure --prefix=安装目录 --enable-mpi
make -j4
make install
- 安装目录我设置为
/home/cndaqiang/soft/fftw之后注意替换 -
帖子中说一定要加
--enable-mpi否则在安装好的lib文件夹内无法生成此次编译VASP所必须的libfftw3_mpi.a文件
编辑~/.bashrc,添加以下内容，注意替换相关目录
export PATH=/home/cndaqiang/soft/fftw/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/cndaqiang/soft/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH
编译生效
source ~/.bashrc
准备工作做完了，开始编译vasp
编译VASP
与之前vasp版本编译的不同，不需进入vasp.5.lib进行编译
cp makefile.include vasp.5.4.1
cd vasp.5.4.1
vi makefile.include
修改makefile.include
- 28行设置MKL路径
MKLROOT =/home/cndaqiang/intel/mkl - 33行只使用openmpi
BLACS =-L$(MKL_PATH) -lmkl_blacs_openmpi_lp64 - 38行设置fftw
OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /home/cndaqiang/soft/fftw/lib/libfftw3_mpi.a - 39行设置fftw
INCS =-I/home/cndaqiang/soft/fftw/include
开始编译,不建议加-jn命令，容易出错
make all
大概30分钟左右会完成编译，在bin文件夹中会生成三个可执行文件
cndaqiang@ubuntu:~/VASP-5.4/vasp.5.4.1$ ls ./bin
vasp_gam vasp_ncl vasp_std
- vasp_gam /gamma版本的vasp
- vasp_std /标准版本的vasp
- vasp_ncl /非线性版本的vasp
vasp_gam vasp_ncl vasp_std三个文件夹里面分别有一个可执行程序vasp
添加环境变量
把VASP添加到PATH后，可以通过直接输入vasp运行
例如我,新建了一个文件夹，里面创建三个软连接，分别指向三个版本的vasp，再将该目录设置为PATH目录，通过vasp_gam,vasp_ncl,vasp_std分别运行三个版本的vasp
mkdir ~/soft/vasp
cd ~/soft/vasp
ln -s /home/ubuntu/VAPS_install/vasp5.4/vasp.5.4.1/build/gam/vasp vasp_gam
ln -s /home/ubuntu/VAPS_install/vasp5.4/vasp.5.4.1/build/ncl/vasp vasp_ncl
ln -s /home/ubuntu/VAPS_install/vasp5.4/vasp.5.4.1/build/std/vasp vasp_std
在~/.bashrc中添加
export PATH=/home/ubuntu/soft/vasp:$PATH
编译~/.bashrc
source ~/.bashrc
或使用完整路径，如/home/ubuntu/VAPS_install/vasp5.4/vasp.5.4.1/build/gam/vasp也可以
简单运行vasp
生成输入文件->vasp->输出文件
运行
新建一个文件夹，里面放入输入文件(第一次可先搜索vasp实例得到下面的文件，之后再慢慢看每个文件的具体内容和编写方法),命名如下
INCAR KPOINTS POSCAR POTCAR
直接运行(这里的vasp_std是我之前添加的快捷命令,可以用/home/ubuntu/VAPS_install/vasp5.4/vasp.5.4.1/build/std/vasp替换)
vasp_std
生成输出文件,如
ubuntu@VM-10-194-ubuntu:~/work/1_1_O_atom$ ls
CHG CONTCAR EIGENVAL KPOINTS OUTCAR POSCAR REPORT WAVECAR
CHGCAR DOSCAR INCAR OSZICAR PCDAT POTCAR vasprun.xml XDATCAR
可以将自己的运算结果和Materials Project进行对比
输入输出文件
输入输出文件的编写规则和vasp使用的相关教程资源就非常多了，不在这里整理了
后记
参考的教程太多了，恕不把每个链接放上了，仅再此感谢小木虫csdn计算化学公社等优秀的网友
以后有时间，再整理一次makefile里面的参数对应哪些，串行，并行，其他mkl库，fftw等，先这样用着吧，先去学习vasp了
本文首发于我的博客@cndaqiang.
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